博物館正門為仿古彩繪脾樓，琉璃瓦覆頂，隸書楹聯(lián)“古船曾捍海疆猶存雄風(fēng)壯華夏，博物長留仙境更有巧思昭蓬萊”，門額“神游”。大門西側(cè)鑲嵌“登州古船博物館”陰刻大理石字碑，碑文為張愛萍所書；東側(cè)鑲嵌4方古船航�；◢弾r浮雕。館內(nèi)設(shè)3個(gè)展廳：一展廳置蓬萊水城(古登州港)沙盤和兩方PVC顯示板，顯示板分別示“登州港古代海內(nèi)外交通圖”和“登州港變遷圖”。二展廳展出1984年小海清淤時(shí)出土的元代古戰(zhàn)船、宋元兩代的石碇木碇、明代紫檀木舵桿和古代各類鐵錨。三展廳展出小海出土的三足罐、陶壺等陶制品和明洪武八年(1375)鑄造的銅炮兩尊。

　　船舶發(fā)展陳列館位于太平樓內(nèi)，設(shè)古代、現(xiàn)代兩個(gè)陳列廳，陳列面積240平方米，陳列我國各歷史時(shí)期代表性船舶模型50余只。一樓為古代船舶陳列廳，陳列5000年前獨(dú)木舟、東漢斗艦、隋代龍舟、唐代游肪、明代鄭和寶船、清代快船等船模20余只。二樓現(xiàn)代船舶陳列廳陳列現(xiàn)代戰(zhàn)艦、貨輪、游輪、客貨滾裝輪等船模30余只，系統(tǒng)、形象地再現(xiàn)了我國造船技術(shù)的發(fā)展歷程，真實(shí)地反映了我國近現(xiàn)代造船技術(shù)在海洋交通、海洋開發(fā)、遠(yuǎn)洋漁業(yè)、科學(xué)考察、國防現(xiàn)代化等領(lǐng)域中發(fā)揮的巨大作用。